庵野秀明表示：这部作品的开始的提案是《关于新世纪福音战士剧场版修改稿的笔记》，写于20年前的2005年11月20日，当时，我打算制作壹个简单的剧版合集，只将第20集及之后的大结局进行修改。

在备忘录中最早的粗略剧情设定中，最终阶段是碇真嗣驾驶的EVA和杀死碇源堂（其和明日香及亚当同化的EVA-2合体）的渚薰驾驶的EVA对决，最终真嗣选择原谅薰。

然而历经诸多构思变迁，直到2024年9月我才决定大结局以宇部新川站为舞台。

除了这些之后，庵野秀明还公开了一张图片，展示了开始公开的、被称为新剧场版企划制作意图的声明。

在其中，他提到： 《新世纪福音战士》一个不断重复的故事。主角虽屡次遭遇相同命运，却始终奋起反抗的故事。这是关于哪怕一点点也要给前迈进的意志。这也是关于怎样忍受模糊的孤独，即使害怕和他人接触也想在一起的决心的故事。